תהליך ההדפסה הנפוץ עבור קופסאות קרטון גלי הוא הדפסה פלקסוגרפית.

שיטת הדפסה זו משתמשת בדיו על בסיס מים להדפסה ישירה על קרטון גלי ויש לה את המאפיינים הבאים:

1. ניתן לקשר אותו לייצור, כולל הדפסה, חריצת, קימוט, אריזה בקופסה, צרור ותהליכים אחרים.

2. טיוטת שורת הטקסט קלה להכנה ומתאימה להדפסת טקסט וגרפיקה פשוטה.

3. יציבות איכות ההדפסה אינה גבוהה, וקשה לשלוט בעומק צבע הדיו.

4. יש לו השפעה מועטה על חוזק הקרטון הגלי והוא מתאים להדפסה בלחץ קל.

5. מחיר נמוך, גרסה גמישה עם עמידות גבוהה להדפסה, לשימוש חוזר ומחיר דיו נמוך יחסית.

בנוסף, למרות שדפוס אופסט והדפסת משי הן גם שיטות אופציונליות, הדפסה פלקסוגרפית הפכה לבחירה העיקרית להדפסת קופסאות גליות בשל יעילותה הגבוהה, יעילותה מבחינת עלות והתאמתה לקרטון גלי.

קופסאות הקרטון בתמונות למטה מודפסות בהדפסת אופסט, וזה כמובן שונה מהדפסת דיו מים.